耶鲁大学部分保留了英国的学院制，每个综合学院包含所有本科专业。本科生入学后绝大部分住在某个学院里。学生也可以选择进入耶鲁的某一个专业学院学习，一共有10个专业学院(建筑、艺术、神学、戏剧、林业和环境、法学、管理、医学、音乐、护理)。研究生则进入艺术与科学研究生院。目前耶鲁大学的在校生约11000人，其中综合学院5200人，专业学院3500人，研究生2300人。