1999年，康斯坦茨大学将全校分为3个院，这3个院包括了13个系：

　　一)数学和自然科学院，其中包括数学和统计学系、信息工程和信息科学系、物理系、化学系,、生物系和心理学系;

　　(二)人文科学院，其中包括哲学系、历史和社会学系、文学和语言学系;

　　(三)法学、经济和管理学院，其中包括法学系、经济系、政治系和管理学系。