慕尼黑大学设校长1人，副校长3人，均由评议大会选举，校务领导委员会办公室主任1人，由校长任命，5人共同组成学校行政领导机构。

　　校长的职能是领导校务委员会的工作，同时统筹、协调全校各个学院的教学科研工作。几百年来，当选的校长一般都是德高望重的教授。学校校长不是纯行政职务，只是“兼职”，任职期间仍不放弃教学和科研，从职位上“退休”后，还回到学院或研究所去继续从事他的本行。