吉森大学围绕一系列重点课题建立了直属的研究中心，通常科学家们会在其中进行学科交叉的合作研究。

　　哲学与科学基础研究中心(ZfP)， 由奥多·马库阿德(Odo Marquard)于1960年代创办

　　国际发展与环境研究中心(ZEU)，成立于1998年

　　环境安全的生物学基础跨学科研究中心(IFZ)，成立于2000年

　　媒体与互动研究中心(ZMI)， 成立于2000年

　　吉森文化研究中心(GGK)，成立于2001年

　　吉森东欧研究中心(GiZo)，成立于2006年

　　此外，吉森大学还拥有以下附属科研机构：

　　吉森大学农村合作社研究所

　　吉森大学野生动物学研究工作组

　　吉森大学生物心理学与行为医学研究所

　　吉森大学社会调查与应用研究所

　　吉森大学品牌与传播研究所

　　热带研究所

　　计算机数据处理中心

　　放射治疗研究中心

　　欧洲大陆农业与经济研究中心 地域发展研究中心