1582年，与早年许多在教廷特许(Papal Charter)下成立的大学不同，爱丁堡大学在苏格兰国王詹姆斯六世(James VI)的特许(Royal Charter)和爱丁堡市议会(Town Council)的资助下展开筹建;翌年，大学正式成立，作为欧洲宗教改革运动之后的超好所市立大学(Civic University)，其超初的名称是“唐尼斯学院”(Tounis College)，这是苏格兰的第四所也是整个英语圈的第六所大学。

　　在18世纪欧洲启蒙运动的浪潮中，爱丁堡大学逐渐成为学术中心和欧洲主要大学之一。热门的大哲学家休谟(David Hume)年轻时便在学校受教和成长。在1789年老学院(Old College)兴建之前，学校并没有专属的校园，如今这座建筑物仍然屹立于爱丁堡老城的南桥街(South Bridge)和钱伯街(Chamber Street)交接处;当初它的设计者是罗伯特·亚当(Robert Adam)。