今日的曼彻斯特大学是由历史悠久的曼彻斯特科技大学与曼彻斯特维多利亚大学在2004年合并而成。
曼彻斯特大学的源头可追溯到1824年,该年曼彻斯特机械学院成立,后来发展为曼彻斯特科技大学,百余年来培育了众多诺贝尔奖级的科学家。
曼彻斯特维多利亚大学则创办于1851年,当时称作欧文学院,名字来自一位纺织商人约翰·欧文,他用96,294英镑创办了这所学院,1873年该校迁至现址。1880年,该校被授予皇家宪章,成为维多利亚大学的超好个成员,其后,利物浦大学学院和位于利兹的约克郡学院分别于1884年和1887年加入维多利亚大学。1903年,利物浦大学学院分出维多利亚大学,单独成立利物浦大学;而1904年,利兹的学院也分出去,成立了利兹大学。此后在曼彻斯特的部分被称作曼彻斯特维多利亚大学,也常被简称为曼彻斯特大学,在其同曼彻斯特科技大学合并前,有一万八千多名全日制学生,是英国超为热门的研究型大学之一。
2004年秋,曼彻斯特科技大学与曼彻斯特维多利亚大学合并,新学校的全名为曼彻斯特大学,并斥资六亿英镑改建和扩增许多建筑及设备。